Jedna z nejstarších organizací svého druhu na světě vznikla v r. 1928. Vznik Československé společnosti mikrobiologické byl do značné míry zásluhou Františka Patočky (1904-1985), který se s myšlenkou spolčování mikrobiologů s cílem výměny informací a zkušeností setkal během svého studijního pobytu v Pasteurově ústavu v Paříži.
První informativní schůzka přípravného výboru společnosti se konala v červnu 1928 za předsednictví profesora I. Honla, přednosty Bakteriologického a sérologického ústavu UK Praha. Zakládajícími členy společnosti byli především tehdejší členové lékařské a přírodovědecké fakulty UK v Praze. Prvním předsedou byl zvolen Ivan Honl. V r. 1937 se stal předsedou Společnosti prof. Němec, po něm Jan Kabelík. Po II. sv. válce se stal předsedou Společnosti nakrátko prof. František Patočka a od r. 1949 tuto funkci dočasně zastával Ivan Málek. Padesátá léta, proslulá povinným přejímáním sovětských pavědeckých nesmyslů, mikrobiologii nepřála. Až teprve v prosinci r. 1959 došlo k znovuobnovení Československé společnosti mikrobiologické.
Renesance Společnosti je po dobu téměř čtvrtstoletí spojena se jménem tajemníka Vladimíra Havla, který mj. obhájil na přírodovědecké fakultě UK diplomovou práci s názvem Počátky české mikrobiologie. Funkci tajemníka Společnosti dále vykonával Miloš Rýc, jehož zásluhou bylo Československu přiděleno pořádání světového mikrobiologického kongresu IUMS 94.
V posledním období, kdy je ČSSM registrována u Rady vědeckých společností Akademie věd ČR, ovlivňovali její chod předsedové Libor Ebringer a Jaroslav Spížek.
Historie předsedů ČSSM od roku 1961
| Ivan Málek | (1961 - 1965) |
| Jaroslav Šterzl | (1965 - 1971) |
| Ján Štefanovič | (1971 - 1972) |
| Theodor Martinec | (1972 - 1983) |
| Vladimír Krumhanzl | (1983 - 1990) |
| Miloš Kocur | (1990 - 1992) |
| Libor Ebringer | (1992 - 1998) |
| Jaroslav Spížek | (1998 - 2004) |
| Ivan Čižnár | (2004 - 2010) |
|
Jiří Gabriel Helena Bujdáková Filip Růžička |
(2010 - 2016) (2016 - 2022) (2022 - dosud) |